یکی از فعال ترین نهاد های علمی و فرهنگی منطقه خلجان کانون های مساجد می باشد که میتوان به کانون باقرالعلوم (ع) ، کانون مسجد امام حسین(ع) و کانون آل طاها اشاره نمود.
از جمله فعالیت های آنها برگزاری کلاس های آموزش قران کریم ، محفل شعر و مشاعره ، کلاس های خیاطی ، گلدوزی و گلسازی برای خواهران ، دوره های کمک های اولیه ، کلاس های رباتیک ، اردو های ورزشی و تفریحی و طرح های تابستانی برای اوقات فراغت نوجوانان و جوانان می باشد. در بین این کانون های ، کانون فرهنگی باقرالعلوم (ع) خلجان دارای قدمت طولانی تری بوده و از نظر سطح علمی و فرهنگی نه تنها در سطح استان آذربایجان شرقی مطرح می باشد ، بلکه دارای مقام های کشوری در رشته سرود و جمع خوانی می باشد.
